根据《自治区党委自治区人民政府关于区直机构改革的实施意见》（桂发[2004]1号）和《自治区党委自治区人民政府关于自治区党委和自治区人民政府机构设置的通知》（桂发[2004]2号），撤销在自治区农业厅挂牌的自治区乡镇企业管理局，保留自治区农业厅。自治区农业厅是主管全区农业和农村经济发展的自治区人民政府组成部门。
一、职能调整
（一）划出的职能。
将原自治区乡镇企业管理局的职能交给自治区经济委员会。
（二）划入的职能。
将自治区农垦局的绿色食品管理职能，交给自治区农业厅。
（三）强化的职能。
1.开展农业产业政策的研究，引导产业结构的合理调整和农业资源的合理配置。
2.深化农村经济体制改革和促进农业社会化服务体系建设，进一步加快农产品市场体系和农村经济信息服务体系建设，强化信息服务。
3.贯彻农业产业化经营方针、政策，拟订实施规划，促进农业产前、产中、产后一体化发展。
4.制定行业质粱标准，强化农业安全监督体系建设（加强农产品质量安全工作。
5.加强农业执法体系建设和执法监督检查。
6.加大农业技术推广力度，发展绿色食品和有机食品，增强农产品市场竞争力。
7.组织和研究外向型农业，进一步推动农业对外开放。
二、主要职责
根据上述职能调整，自治区农业厅的主要职责是：
（一）贯彻落实农业和农村工作的方针、政策、法律、法规；研究、拟订并组织实施农业和农村经济发展战略、中长期发展规划，承担农业投资和农业综合开发、示范项目的规划、计划管理和监督实施。
（二）研究拟订农业产业政策措施，协调农业产业结构的合理调整、农业资源的优化配置和产品品质的改善；提出有关农产品和农业生产资料流通与价格、农村信贷、税收及农业财政补贴等政策性建议；负责提出全区农业地方立法项目的建议，根据自治区人民政府的委托，起草有关地方性法规、规章和规范性文件草案；负责农业行政执法体系建设和执法监督检查。
（三）研究提出深化农村经济体制改革的意见，指导和协调农村改革试验区和县级综合改革试点县（市）改革试验工作；指导农业社会化服务体系建设和乡村集体经济组织、合作经济组织建设；贯彻落实稳定和完善农村基本经营制度及政策，调节农村经济利益关系，指导、监督减轻农民负担和耕地使用权流转工作。
（四）拟订农业产业化经营的政策措施，负责全区主要农产品市场体系建设与发展规划，指导、协调农业生产资料市场体系建设与规范化管理，参与组织农产品加工与流通，组织协调和实施“菜篮子工程”建设；负责指导全区农业和农村经济信息体系的现代化建设，预测并发布农业和农村经济信息。
（五）负责指导农业资源综合区划与开发利用，组织实施生态农业建设与农业可持续发展工作；指导农村可再生能源的开发利用以及农业生物物种资源的保护和管理；负责开展基本农田保护和农业资源保护工作；承担和指导农业重大技术项目及示范区（园）建设；负责组织农用地、宜农滩涂、宜农湿地等农业区域性开发工作；研究实施大型农业工程和农民奔小康措施。
（六）拟订农业科研、教育、技术推广及其队伍建设的发展规划、计划及有关政策措施，实施科教兴农战略；负责组织重大农业科研、技术推广项目的遴选及实施；组织农业教育与职业技能开发工作。
（七）拟订农业产业地方标准，并组织和监督实施；负责组织实施农产品及无公害农产品、绿色食品、有机食品的质量认证、监管及农业植物新品种保护工作；负责种子、农药、肥料等农业投人品的登记等工作，组织开展农业投入品质量检测监测和执法监督管理。
（八）负责组织全区农业植物保护工作（含植物内部检疫）。
（九）研究提出全区农业对外开放的发展战略和对策；承办农业涉外事务；组织开展有关国际经济、技术交流与合作。
（十）研究提出农业机械化、设施农业工程发展规划和年度计划及重大技术措施建议，引导农业机械产品结构调整，推动农业机械化应用水平的提高和普及；组织拟订农机作业规范和技术标准；组织协调拖拉机、联合收割机、农用运输车等农业机械的安全监理、产品质量检验、鉴定和认证管理；指导农机服务体系建设。
（十一）指导直属单位的工作，按照权限管理直属单位人事劳动工资、机构编制工作；指导有关社会团体为农业和农村经济发展服务。
（十二）承办自治区人民政府交办的其他事项。
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